Mikrobiyoloji ve Toprak

acemi_caylak · 10-08-2010, 08:41

"Çeşitli çalışmalarda kullanılmak üzere, Rhizobium şuşlarının izolasyonu gerekebilir. Tüm mikrobiyolojik çalışmalarda olduğu gibi izole edilmek istenen mikroorganizma en çok, en yaygın bulunduğu ortamdan elde edilir. Rhizobium için bu ortam baklagil bitkisinin köklerinde oluşturduğu nodüllerdir.

Tarladan toplanan nodüllü kökler laboratuvara getirilir, önce musluk suyu ile yıkanarak toprak ve diğer kalıntılar uzaklaştırılır, sonra alkol içerisinde 5-10 sn tutularak yüzey sterilizasyonu yapılır, steril su ile yıkanarak alkol uzaklaştrılır. Daha sonra her nodül 1-2 damla steril fizyolojik tuzlu su içinde steril bir baget ile ezilir, buradan kongo kırmızısı indikatörü içeren YMA (Yeast Mannitol Agar) besiyerine sürme yapılır ve 25-30 °C’de 4-10 gün süre inkübe edilir (kuluçkaya yatırma). İnkübasyondan sonra elde edilen tek koloniler identifikasyon (tanımlama) işlemine alınır.

Tarla toprağından Rhizobium izole edilmek isteniyorsa, 2 yöntem vardır. Birinci yöntemde toprak örneği doğrudan doğruya steril fizyolojik tuzlu su ile karıştırılır, böylece toprakta bulunan bakterilerin suya geçmesi sağlanır, buradan YMA besiyerine sürülerek koloni elde edilir. Bu yöntemde elde edilen kolonilerin Rhizobium olup olmadığı, Rhizobium ise ne denli etkili bir şuş olduğu, hangi bakterilerle çapraz aşılama reaksiyonu vereceği bilinmediğinden etkili bir yöntem değildir. Bunun yerine 2. yöntem daha iyidir. Bu yöntemde yine toprak steril fizyolojik tuzlu su içinde karıştırılır. Hangi baklagil için Rhizobium izole edilmek isteniyorsa o baklagilin tohumları ile, elde edilen toprak ekstraktı karıştırılarak laboratuvar veya sera koşullarında ekilir. Bitki gelişmesi sağlandığında köklerde oluşan nodüllerden yukarıda açıklandığı şekilde bakteri izole edilir."

Gördüğünüz gibi bakteri izole etmek hiçte zor bir iş değil. Önemli olan, hangi bakteri en yaygın nerede bulunuyor, bunu bilmek ve buradan alınan örneği besiyerine alıp üretmekten geçiyor. Kitapta sözü geçen steril fizyolojik tuzlu su ve YMA besiyeri agarı ecza depolarından veya tıbbi laboratuvar malzemesi satan yerlerden kolaylıkla temin edilebilir.

Yabancılık çekenler açısından, YMA'nın içeriği aşağıdaki gibidir. Hazır karışım halinde alabiliyorsunuz.

İçerik	Gr / Litre
Maya Ekstraktı (Yeast extract)	1.000
Hekzahidrik Alkol (Mannitol)	10.000
Dipotasyum Fosfat (Dipotassium Phosphate)	0.500
Magnezyum Sülfat (Magnesium Sulphate)	0.200
Sodyum Klorür (Sodium chloride)	0.100
Kongo Kırmızısı (Congo Red)	0.025
Agar	20.000
Son pH seviyesi (25°C de)	6.8±0.2

Kongo kırmızısı asit-baz ayrımında kullanılan bir tür çözelti.
Agar ise su yosunlarından elde edilen jelatinimsi maddeden başka bir şey değil.

Bir sonraki adımda mikroorganizmalrın mikroskop altında nasıl tanımlandıklarına dair videolu anlatımlı linkler (dil ingilizce olsada anlaşılabiliyor.) ekleyeceğim. Böylelikle profesyonel üretici olduklarını iddia edenlerin yapmayıp, bize mikrobiyal gübre diye pazarladıkları sıvı enzimlerden daha iyisini kendi amatör olanaklarımızla üretme denemelerine de başlamış olacağız. En azından "üretim sırrı" masallarını dinlemeden gübrenizin içerisinde ne olduğunu bileceksiniz.