Mikrobiyoloji ve Toprak

[Halil Önen]

Orijinal Mesaj Sahibi epsody

Halil arkadaşım surularından anladığım cevaplar bu yöndedir. Açıklamalarım olması için daha detaylı kullanım bilgilerini sunarsanız, ayrıntılar ekleyebilirim, sevgilerimle çalışmlarında başarılar dilerim Saygılar..

Sn.epsody,
verdiğin bilgiler için teşekkürler.

''Organik gübre yapımı'' sayfasındayım, bilgi ve deneyimlerini bekliyorum.

Saygılar

[Dogasever]

Orijinal Mesaj Sahibi acemi_caylak

Halil Bey,

Bence maksimum sınır derken sıcaklık sınırını kastettiğinizi düşünüyorum. EM içindeki bakterilerden lacto bacillus türlerinin bir çoğu 45 °C’ ye kadar dayanabiliyorlar. Ancak yine de ayrıntılı bilgiyi Sn. Dogasever verirse sevinirim. Çünkü EM içinde 80 çeşit mikroorganizma olduğunu söylüyor. Hepsini tek tek bilmediğim için net bir yorum yapamıyorum.

Halil Bey merhaba

Biz 50 C dereceyi aşmamayı öneriyoruz. Bu yüzden havalandırma yapılarak sıcaklığın çok yükselmesi engelleniyor. Ama diyelim ki 60 C dereceye çıktınız. Ne olabilir? Hiçbir şey olmaz. Bazı laktik asit bakterileri ölebilir ama zaten bu sıcaklığa erişmeden önce bu bakteriler yapacakları faydaları yapmışlardır. Fototropik bakteriler çok dayanıklıdır. Çok yüksek sıcaklıklara dahi dayanabilirler. EM Kompostta önemli olan fermante olmuş organik madde üretmektir. Amaç sonuçta EM üretmek değildir. Sonuçta elde edilen ürün de EM değildir, EM Komposttur. O yüzden, EM mikroorganizmalarının bazılarının ölmüş olmasının hiçbir mahsuru yoktur. Önemli olan nihai ürünün özellikleridir. Zaten EM içindeki en önemli mikroorganizmalar da fototropik bakterilerdir. Bunların işlevleriyle ilgili yakında çok ayrıntılı bir yazı yayınlayacağım.

[acemi_caylak]

Mikoriza mantarları ile ilgili özet bir bilgi.

Mikoriza terimi aktif bitki gelişimi evresinde köklerin korteks dokusunu (kabuk) kolonize eden mantar ile bitkiler arasında oluşan işbirliği veya simbiyozu (ortak yaşam) ifade etmektedir. Mikorizal funguslar (Mikoriza Mantarları) konukçu bitki köklerinin içinde ve dışında kurdukları ilişkilerden dolayı ekolojik olarak büyük öneme sahiptirler. Mikoriza mantarları ile bitkiler arasındaki bu ilişki karşılıklı yararlanmaya (mutualistik simbiyosis) dayalı bir ortaklıktır. Bitki gelişimini, özellikle bitki besin maddelerinin yoğunluklarının kritik seviyelerde olduğu marjinal topraklarda ve koşullarda teşvik etmektedir. Bu teşvik, simbiozise sahip köklerin topraktan kantitatif olarak (niceliksel olarak, miktar), başta fosfor olmak üzere bazı makro ve mikro besin maddelerini daha iyi alabilmeleri ile açıklanmaktadır. Fungus ise bitkiden bazı organik maddeleri ve karbonhidratları almaktadır. Bu yaşam şeklinde, her iki ortakda belli koşullar altında birbirlerinden faydalanmaktadırlar. Konukçu bitki fungusa karbon kaynaklarını sunarken, fungus bitkinin topraktan su ve besin alımını artırır. Mikoriza, bitkinin yararlanamayacağı çözünürlüğü az veya yetersiz durumdaki besin elementlerini, özellikle fosforu absorbe etmekte ve bitkiye kazandırmaktadır.

Konukçu bitkinin, toprak fungusları ve nematodlara karşı dayanıklılığını artırmaktadır. Daha iyi beslenen mikorizalı bitki, zayıf gelişen mikorizasız bitkiye nazaran obligat patojenlere (Yaşamsal evrelerinin çoğunu konukçu vücudunda geçiren patojenler.) karşı daha dayanıklı olabilmektedir. Soğandaki beyaz çürüklük (Sclerotium cepivorum), fasulyedeki kök çürüklüğü (Fusarium oxysporum) , kök boğazı çürüklüğü (Rhizoctonia solani), domates ve patlıcandaki verticilium solgunluğu (Verticillium dahliae) türünden hastalıklara karşı bu mantarların etkili olduğu bilinmektedir.

Ayrıca, mikorizal funguslar, kök yenilenmesini teşvik eder, bitki büyümesini hızlandırır ve kimyasal gübre kullanımını azaltır.

Mikorizal funguslar dört büyük gruptan oluşur: Ectomycorrhiza, Endomycoorhiza (arbüsküler mikorizalar), Ericaceous Mikorizalar ve Orchidaceous (Orkide) Mikorizalar

1- Ectomycorrhiza (Ektomikoriza): Yüksek yapılı ormanlık alanlarda ağaçların kök bölgesinde, çalı tipi bitkilerde ve nadiren de olsa tek yıllık otsu bitkilerde rastlanılan bir mikoriza türüdür. Ektomikorizaların (EM) teşhisinde en belirgin özellikleri, kök korteks hücreleri arasında bulunan hiflerinin, orman biyolojisinin kurucusu kabul edilen Robert Hartig'in adından dolayı "Hartig net" diye adlandırılan bir ağ oluşturmalarıdır. Bitkinin kök korteksinde (kabuk) hücre içi değil hücreler arası alanı doldurmakta ve kökte morfolojik değişikliklere neden olabilecek örtü veya kın olarak adlandırılan ve bölmeli olan kökçük görünümünde dallanmış hifler oluşturmaktadır. Kortikal ve epidermal hücreler arasında yer alan "Hartig net" olarak tanımlanan bu çok sayıdaki hifler ağı vasıtasıyla, konukçu bitki ve mantar arasında besinlerin alış verişi için geniş bir yüzey oluşturarak onların taşınımına katkıda bulunmaktadır. Çok sayıda EM aynı zamanda kök emici tüylerini (genellikle ince besleyici kökler) tamamen kaplayabilen bir kın veya manto şeklinde gelişen mantari dokuya sahiptir. Kökleri kaplayan bu kın veya örtünün kalınlığı, rengi ve bünyesi özel bitki - mantar kombinasyonlarına bağlıdır. Mantar dokusunun oluşturduğu kın, emici köklerin yüzey alanını artırır ve çoğu kez ince köklerin morfolojisini etkileyerek, kök çatallaşmasına ve gruplanmasına neden olur. Hifsel uzantılar, kın ile bağlantılı olup toprağın içine yayılırlar. Bu hifsel uzantılar, sıkça agregatlaşarak, çıplak gözle görülebilecek kök benzeri yapılar (rhizomorphs) oluştururlar. Rhizomorfların iç kısımları besin elementlerinin ve suyun uzak mesafelere taşınabilmesi için özel olarak tüp benzeri yapılara dönüşebilmektedir.


2- Endomycorrhiza veya VAM (Endomikoriza): Yüksek bitkiler arasındaki en yaygın simbiyotik yaşam biçimini oluşturan tür endomikoriza türleridir. Odunsu ve otsu bir çok bitki ile ortak yaşam oluştururlar. Bitkilerin kök yapılarındaki dallanmayı andıran yapılara benzer, Arbüsküler olarak adlandırılan yapı oluşturmalarından dolayı, Arbüsküler mikorizalarda (AM) denilen endomikorizaların ayırdedici özellikleri, kök korteks hücreleri içerisinde oldukça dallı arbüskül yapı oluşturmalarıdır. Ektomikorizanın aksine kök korteksinin hem hücre içi, hem de hücreler arası boşluklarında oluşmaktadır. Kök korteksinde oval görünümlü ve lipitce zengin olan "vesikül" (küçük kese ya da boşluk) ve hücre içlerinde ağaçların kök yapılarındaki dallanmayı andıran "arbüskül" olarak adlandırılan yapılar oluşturmaktadır. Vesiküller yapı dışarıdan alınan besin elementlerinin depolanmasını sağlarken, arbüsküler yapı sayesinde oluşan dallanmış yapılar ise toprak içerisine nüfuz etmekte ve böylece kök bölgesinin uzağındaki besin elementlerinin alımını kolaylaştırmaktadır. Endomikorizanın en yaygın grubunu vesiküler ve arbüsküler yapı oluşturmasından dolayı vesiküler arbüsküler mikoriza (VAM) olarak tanımlanmıştır. Ancak, arbüskül oluşturan mikoriza mantar türlerinin tamamı vesikül yapı oluşturmalarından dolayı, son zamanlarda daha çok arbüskül mikoriza (AM) terimi kullanılmaya başlanmıştır. VAM’ın alt türlerinden en önemlisi olan Glomus türü bugüne kadar yapılan bir çok araştırmada yoğun olarak kullanılmıştır.

Mantar, başlangıçta korteks hücrelerinin arasında gelişir, fakat kısa zamanda konukçu hücre duvarından içeri girer ve hücre içerisinde gelişmeye devam eder. Mantarın korteks hücreleri içerisinde geliştiği bütün mikorizal tiplere genel olarak endomikoriza denir. Bu ortak yaşamda ne mantar hücresi duvarı ve ne de konukçu bitki hücresi membranı bozulmamaktadır. Mantar büyüdükçe konukçu bitki hücresi membranı, mantarı bir kılıf içerisine alır ve tamamen etrafını kuşatarak, içerisinde yüksek moleküler yapıdaki maddelerin depolandığı ayrı bir bölme oluşturur. Bu ayrı bölme, bitki ile mantar sitoplazması arasında doğrudan temasa engel olarak simbiyontların (bitki-mantar) arasındaki besin maddeleri taşınımının daha iyi bir şekilde gerçekleşmesini sağlar. Arbüsküller, nispeten kısa ömürlüdür (15 günden az) ve tarladan toplanmış örneklerde genellikle bunları görmek oldukça zordur. AM mantarlarının oluşturduğu diğer yapılardan bazıları, vesiküller, yardımcı hücreler ve aseksüel sporlardır. Vesiküller, ince duvarlı, lipidle dolu yapılardır ve genellikle hücreler arası boşluklarda yer alırlar. Vesiküllerin ana işlevinin depolama olduğunun düşünülmesine karşın, vesiküller aynı zamanda mantarın üremesini sağlayan organlar (propagule) olarak da görev yapmaktadır. Yardımcı hücreler, toprakta oluşur ve kangal (bobin) veya yumru şeklinde olabilirler. Bu yapıların işlevleri bilinmemektedir. Üremeyi sağlayan sporlar, kök içerisinde veya genellikle toprak içerisinde oluşabilmektedir. AM ortaklıkları oluşturan mantarların ürettiği sporlar aseksüeldir ve vejetatif hiflerin değişime uğraması ile meydana gelirler. Bazı mantarlarda (örneğin, Glomus intraradices) vesiküller, kök içerisinde ikincil bir kalınlaşmaya uğrar ve hifsel yapı boyunca ortada bir ayırıcı duvar teşkili ile hifin ucunda spor oluşur. Fakat, genellikle sporlar, toprak içerisinde hifsel şişkinliklerden gelişirler.

3- Ericaceous Mycorrhiza: Ericaceous terimi, Ericales takımından bitkilerde rastlanan mikorizal ortaklıkları ifade etmede kullanılmaktadır. Kök içerisindeki hifler, korteks hücrelerinin içine girebilirler (endomikorizaların özelliği), fakat arbüskül oluşmaz. Başlıca 3 tip ericaceous mikoriza tanımlanmıştır.

Ericoid: İç korteks hücreleri tamamen mantar hifleri ile doludur. Kırbaç şeklindeki gevşek bir hif parçası kök yüzeyi üzerinde büyür. Fakat, bir kın oluşmaz. Ericoid mikorizalar, Calluna (funda, süpürge otu, süpürge çalısı), Rhododendron (ormangülü) ve Vaccinium (Likapa, çay üzümü) gibi çok ince kök sistemleri olan ve tipik olarak asit ve peat topraklarda büyüyen bitkilerde bulunurlar. Bu mikorizal ortaklıkta görev alan mantarlar, Hymenoscyphus cinsi ascomycetes'lerdir.

Arbutoid: Hem ectomikorizaların hem de endomikorizaların özelliklerini taşımaktadır. Hücrelerarasına girerler, bir kın oluşur ve Hartig net (ağ) vardır. Bu ortaklık, Arbutus (sandal ağacı), Arctostaphylos (ayı üzümü, çoban üzümü) ve Pyrolaceae'nın (fotosentez yapmayan bir çalı türü) birkaç türünde bulunmaktadır. Bu ortaklıkta görev alan mantarlar basidiomycetes'lerdir. Aynı mantarlar, aynı bölgede bulunan EM konukçu ağaçları da kolonize edebilirler.

Monotropoid: Mantarlar, Monotropaceae familyasından achlorophyllous (klorofilden yoksun) bitkileri (ör. Indian pipe) kolonize ederler, Hartig net ve manto (kın) oluştururlar. Aynı mantar grubu, ağaçlarla da EM ortaklıkları oluşturur ve bu suretle oluşturduğu bağlantı ile de ototrof (autotrophic) konukçu bitkiden karbon ve diğer besin maddelerinin heterotrof (heterotrophic), parazit bitkiye akmasını sağlayabilir.

4- Orchidaceous Mycorrhiza (Orkide Mikoriza): Mikorizal mantarların, Orchidaceae familyası bitkilerinin yaşam döngüsünde özel bir rolleri vardır. Orkideler tipik küçük tohumlarında çok az miktarda besin maddesini depo ederler. Çimlenmeden çok kısa bir süre sonra bitki kolonize edilir ve mikorizal mantar, gelişmekte olan embriyoya karbon ve vitaminler sağlar. Klorofilsiz türlerde bitki tüm yaşantısı boyunca karbon ihtiyacını sağlamak için ortağı mantara bağımlıdır. Mantar bitki hücresi içinde gelişir, hücre membranını çevreler ve hücre içerisinde hifsel yumaklar oluşturur. Bu yumaklar sadece bir kaç gün için aktiftir. Sonra normal yapılarını kaybedip bozunuma uğrarlar ve besin maddesi içerikleri büyümekte olan orkide tarafından absorbe edilir. Bu ortak yaşamda yer alan mantarlar basidiomycetes'dir, odun çürüten (Coriolus, Fomes, Marasmius) ve patojen olan (Armillaria ve Rhizoctonia) tiplere benzerler. Olgun orkidelerde, mikorizalar besin maddesi alımında ve taşınımında rol oynarlar.

Mikoriza mantarlarının kök yapısına etkileri ve işlevleri bakımından Ectomycorrhiza ve Endomycoorhiza en yaygın iki grubu oluşturmaktadır. Bu yüzden yaygın olarak konukçusu oldukları ağaçları aşağıda tek tek verdim.

Ectomycorrhiza: Çam, Ladin, Meşe, Huş ağacı, Kayın, Okaliptus

Bu ağaçların çoğu aynı zamanda endo türlerinide bulundurur.

Endomycoorhiza (Glomus Ailesi): Kızılağaç, Akçaağaç, Karaağaç, Sakız ağacı, Dışbudak, Sığla ağacı, Karaceviz

Kızılağaç, Akçaağaç, Söğüt, Karakavak hem ecto hem de endo türlerini bulundurur.


Not: Bu bilgilerin hazırlanmasında aşağıdaki kaynaklardan yararlanılmıştır. Böbürlenmek için değil, diğer forumda düzeysiz bir sataşmada Google'dan kes yapıştır yapıldığını ileri sürdükleri için veriyorum.

Yararlanılan Kaynaklar:
1- ARBÜSKÜLER MIKORIZAL FUNGUSLAR (AMF), BİTKİ VE TOPRAKLA İLİŞKİLERİ, MERA ISLAHINDAKİ ÖNEMLERİ - Şahin PALTA, Semra DEMİR, Kamil ŞENGÖNÜL, Ömer KARA, Hüseyin ŞENSOY, Bartın Orman Fakültesi Dergisi
2- ORGANİK TARIMDA YARARLI MİKROORGANİZMA KULLANIMI (MİKROBİYAL GÜBRELER) - Dr. Nesime CEBEL, Toprak ve Gübre Araştırma Enstitüsü
3- BUĞDAY VE YABANİ TÜRLERİNİN BESLENME VE VERİM YÖNÜNDEN MİKORİZAYA BAĞIMLILIĞININ ARAŞTIRILMASI, Cemal YÜCEL, Çukurova Üniversitesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı
4- mikrobiyoloji.org
5- www.durusu.biz
6- Bioglobal - Biyolojik Bitki Koruma ve Besleme
7- The Complete Technology Book on Bio-Fertilizer and Organic Farming, Niir Board, National Institute of Industrial Research (India)

[acemi_caylak]

Bu Bacillus türleri muhteşem. Aşağıdaki makale herkes tarafından sabırla okunmalı bence. Çünkü birileri bu literatüreri tarayıp, buralardan aşırma yaparak ürünlerine olmadık marifetler yükleyebiliyorlar.

KİTİNAZ ÜRETEN BACILLUS İZOLASYONU, ENZİMİN KISMİ SAFLAŞTIRILMASI VE KARAKTERİZASYONU

Enzimler, canlı hücreler tarafından biyolojik koşullarda sentez edilmelerine rağmen, aktivite göstermeleri için hücre içinde bulunmaları gerekmez. Enzimler çeşitli amaçlarla kullanılmak üzere günlük ve ekonomik hayatta önemli düzeyde kullanılmaktadırlar. Ekonomik sahalarda; ekmek, bira ve peynir üretimi gibi, günlük yaşamda, temizlik alanlarında, ayrıca tıpta teşhis ve tedavide önemli rol oynamaktadırlar. Kimya endüstrisinde, gıda proseslerinde, ziraatta ve hatta biyolojik savaşta da pek çok kullanım alanları bulunmaktadır.

Endüstrinin hemen her alanında kullanılan enzimler genelde mikroorganizmalardan elde edilirler. Çünkü mikrobiyal enzimler; bitkisel ve hayvansal ayrıca kimyasal olarak üretilen enzimlere göre önemli avantajlara sahiptirler. Katalitik aktiviteleri çok yüksektir, istenmeyen yan ürünler oluşmaz, daha stabil ve ucuzdur, ayrıca bir üretim prosesinde çok fazla miktarda üretmek mümkündür. Mikroorganizmalar üremeleri, metabolizmaları ve otoliz olaylarının gerçekleşmesi için pek çok enzimi sentezler. Bu enzimlerin çoğu hücrenin içinde çevreden korunmuş olarak iş görmektedir. Fakat bazıları hücrenin dışına salgılanarak etkinliğini gösterebilir, bunlara ekstrasellüler enzimler denir. Ekstrasellüler enzimler, ortamda bulunan yüksek molekül ağırlıklı besin maddelerini hidroliz ederek mikroorganizma tarafından alınabilir forma dönüştürürler. Bu enzimlere genel olarak hidrolazlar denir. Ekstrasellüler enzimler mikroorganizmanın ürediği/üretildiği ortama salındığı için, ortamın fiziksel ve kimyasal özelliklerine karşı kendisini stabil kılan bazı özelliklere sahip olması gerekir.

Mikroorganizma için gerekli, ise fazla miktarda üretilebilir, söz konusu enzimin substratı ortamda bulunursa enzim üretimi indüklenebilir. Bu özelliği sayesinde, ektsrasellüler enzimler endüstriyel alanlarda kullanılmak için uygun ve vazgeçilmez moleküller haline gelmiştir. Günümüzde mikrobiyal enzimlerin pek çoğu önemli araştırma konusu haline gelmiş, dünyanın hemen her yerinde üretilmeye, sanayi, endüstri alanında kullanılmaya başlanmıştır. Endüstri alanında kullanılan pek çok mikrobiyal enzimin Bacillus cinsine ait türler tarafından sentezlendiği bilinmektedir.

Kitin ve Kitinazlar
Kitin polimerleri böceklerin dış iskelet yapılarında, Crustacea’ların kabuklarında, birçok mantar ve olgun hücre duvarında ve nematodlarda yapısal element olarak bulunan ve N-asetil glukozamin rezidülerinin β,1-4 bağlanması ile oluşmuş bir polisakkarit olup en çok görülen doğal polimerlerdendir.

Kitin formları uzun düz zincirler ihtiva eden yapılardır. Bu sebepten selüloza benzer bir özellik gösterir, fakat yapısında selülozdan farklı olarak hidroksil grupları yerine asetilasyona uğramış amino gruplar bulundurmaktadır. Kitosan yine kabuklularda bulunur. Kitin ve kitosan, kalsiyumu bağlar ve proteinlerle kovalent bağlar oluştururlar. Proteinler diğer karbonhidratlar için bağlayıcı görev yapar. Bu kopolimer eğer %7 den daha az azot ihtiva ediyorsa kitin olarak tanımlanır. Mucor rouxii’den elde edilen kitin deaçilaz (deacylase), kitinin, kitosan ve asetik asite hidrolizini katalizler. Çözünebilir kitosanın moleküler ağırlığı yüzbinlerce hatta iki milyon dalton kadar olabilir.

Kitinazlar organizmalar arasında oldukça yoğun bir dağılım gösterir. Bu dağılım bakteriler, mantarlar, yüksek bitkiler, böcekler, kabuklular ve bazı omurgalıları içermektedir. Kitinazların bu organizmalardaki rolleri çok çeşitlilik gösterir.

Örneğimn; mantar, kabuklu ve böceklerde organizmanın modifikasyonunu sağlar. Bitkiler, mantarlara karşı savunma mekanizması olarak kitinaz üretirler. Kitinaz, fungal patojenlerin misellerini parçalar. Kitinaz geninin bitkilere transferi ile elde edilen transgenik bitkiler fungisid ve insektisid özellikler kazanmakta ve böylece transgenik bitkiler kendileri için patojen funguslarla ve böceklerle savaşabilmektedir.

Doğal olarak genotipinde kitinaz geni bulunduran bazı bitkiler bilinmektedir. Örneğin; akçaağaç, siyah, kırmızı ve beyaz meşe ağaçlarının sağlıklı gövde ve kök dokularında β-1,3-glukanaz ve kitinaz varlığı tespit edilmiş ve bu enzimlerin bu ağaçlarda patojen olan Armillaria mellea’nin hif çeperlerinin erimesine sebep olduğu bildirilmiştir.

Sağlam ve sert bir madde olarak böceklerin ve salyangoz gibi yumuşak canlıların dış iskeletini oluşturur. Her sene pek çok deniz canlısının evi ve sığınağı olan bu kabukların trilyonlarcası içlerindeki canlının ölmesi sonucu okyanus ve deniz diplerine dolmaktadır. Bu ortamlardaki kitin parçalayıcı organizmalar sayesinde, önemli bir biyolojik arıtım olmaktadır. Özellikle Vibrio furnisii olarak isimlendirilen bakteriler deniz ve okyanuslarda en önemli kitin parçalayıcı bakteriler olarak görev yapmaktadırlar. Bu bakterilerin üretmiş olduğu kitinaz bir dizi kimyasal işlemden sonra, kitini glikoz ve amonyak haline dönüştürürler. Kitinazlar yüksek organizasyonlu bitkiler ve mikroorganizmalar tarafından sentezlenmektedir. Bu enzim; domates, soya fasülyesi, buğday kepeği gibi bitkilerden izole edilmiştir ve Streptomyces (özellikle S. griseus) erratia ve Aeromonas türleri potansiyel üreticileridir. Kitinaz diğer karbohidrazlara benzer şekilde 3 enzim kompleksi ihtiva eder; bunlar; endokitinaz, ekzokitinaz ve kitobiazdır.

Ticari kitosanazlar fermentasyon yoluyla Bacillus pumilis’ten (Chitosanase BP [MJ]) üretilmiştir. Bu enzim glükozamin polimerlerini içeren mikroorganizmaların duvarını parçalama yeteneğindedir (mantarlar kitin duvar içerir).

Bakteriler tarafından üretilen kitinaz ise, kitini karbon (C) ve enerji kaynağı olarak kullanma amacına yöneliktir. Endokitinazlar, ekzokitinazlar, beta-N-Asetilglükoaminidazlar ve kitobiazlar olarak sınıflandırılan kitinazların, kitin ve onun türevlerini parçaladıkları bilinmektedir. Endokitinazlar kitin polimerini içten parçalayarak ekzokitinazlar da kitobiozu bir uçtan salıvererek işlev görürler. Beta-Nasetil glikozaminidaz N-asetil glikoz amin monomerlerini kitinden çıkarır bu durumda kitobiaz da kitobiozu N-asetil glikozamine hidroliz eder. Kitinazlar birçok mikrobiyal türlerin bünyesinde barınmaktadır. Serratia, Bacillus, Vibrio türlerinin birçok kitinolitik enzim salgıladıkları ve kitin bağlayan protein ihtiva ederek bunların kitini sinerjitik olarak parçaladığı ve eksraselüler çevreye salgıladıkları bilinmektedir.

Bacillus türleri arasında kitinaz ve kitobiaz dağılımı incelenmiş ve Bacillus licheniformis 2X-70 suşunda termostabil kitinaz aktivitesi olduğunu saptamıştır. Bacillus circulans yaban tipi(wild type) 12 suşu kültür besi yeri içine kitinazı salgılama yeteneğindedir. Bakteri içerisinde teşvik edici subsrat olarak kitin ihtiva eden besi yerinde üretildiği zaman, 6 ayrı kitinaz enzimini salgılamakta ve enzim kültürün süpernatantından elde edilebilmektedir. Kitinaz A-1’in kitine karşı yüksek düzeyde affinitesi olduğu ve kitinaz sistemi içerisinde kitinazı parçalaması açısından önemli olduğu düşünülmektedir. Bacillus circulans 4.1 suşunun kitini yüksek pH’da (6-12.0) parçaladığı ve bu organizmadan kitinazın kısım kısım saflaştırılarak elde edildiği ve elde edilen kitinazın da güve larvaları üzerine toksik etkili olduğu saptanmıştır. Bacillus thuringiensis’in böcekler üzerindeki toksisitesi kitinaz kodlayan gen tarafından artırılabilir.

Bacillus
Bacillus türü, aerob, sporlu çubuklar ailesinde bulunurlar ve genelde gram pozitif boyanırlar. Vejetatif formları düz, kenarları birbirine paralel, ucu yuvarlak veya künt biten, 0.5-1.2 μm eninde 2.5-10 μm boyunda basillerdir. Tek tek veya uzun zincirler şeklinde görülürler. Türlerinin hepsi ısıya dayanıklı spor üretme yeteneğindedirler. Sporları silindirik, elipsoidal, küresel olabilir ve santral, subterminal veya terminal konumda bulunurlar.

Bacillus anthracis dışındakilerin hepsi saprofitik ve genellikle patojenik değildir. Tipik olarak aerobiktirler fakat bazıları fakültatiftir. Mezofilik cinsler çoğunlukta olsa da zorunlu termofil, psikrofil, asidofil ve halofil cinslerde bulunur. Türlerin çoğunda hareket peritrik kamçılar tarafından sağlanır.

Doğal ortamlardan (özellikle kitin ihtiva eden çevrelerden), kitinaz üretme yeteneğinde olan mikroorganizmaların (Bacillus türleri) izolasyonu, saf kültürlerinin hazırlanması, identifikasyonu, en yüksek kitinaz üretme yeteneğinde olan suştan üretilecek kitinaz enziminin karakterizasyonu amaçlanmıştır. Enzim karakterizasyonu için; optimum pH, optimum sıcaklık, pH ve sıcaklık stabilite tayinleri, SDS-PAGE’de enzimin separasyonu, çeşitli inhibitör ve aktivatörlerin enzim aktivitesi üzerine olan etkileri araştırılacaktır.


Materyal

Bu araştırmada kullanılan Bacillus suşları doğal ortamlardan izole edilmiştir. Besiyerleri, çeşitli tamponlar, kimyasallar, shaker, santrifüj, spektrofotometre, elektroforez sistemleri ve diğer ekipmanlar kullanılmıştır.

Topraktan Bacillus sp. Suşlarının İzolasyonu

İskenderun Körfezi’nden alınan yengeçler (8 adet) Çukurova Üniversitesi kampus toprağı (1 kg) ve kompost (500 g) ile karıştırılmış ve açık havada 1 ay bekletilmiştir.

Hazırlanan örnekleme karışımına 3 L distile su eklenerek karıştırılmış, 2 saatlik dinlendirmeden sonra üst kısımdan 10 mL örnek alınarak 85 °C’de 10 dakika ön işleme tabii tutulmuştur.

Ön işlemi takiben, LB (Luria-Bertoni Broth) besiyerine 2 mL örnek inoküle edilmiş, shakerda (2500 d/dk) 24 saat süreyle 37 ºC’de inkübasyona bırakılmıştır.

Elde edilen kültürden, seri sulandırma (10-6-10-7) yapılarak N1 Agara tek koloni düşecek şekilde yayma metoduyla ekim yapılmış, 37 °C’ de 1 gece inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda tek düşen koloniler (550 adet), kitinli besiyerinde üretilerek sonraki çalışmalar için saklanmıştır (stok kültür şeklinde).

Kitinaz aktivitesi gösteren (kitinaz pozitif) suşlar; ısısal işleme tabii tutulduktan sonra üreyebilmeleri, spor boyama metodu ile mikroskopta spor formlarının gözlenmesi sonucu Bacillus sp. olarak tanılanmış ve bu doğrultuda çeşitli biyokimyasal testler yapılmıştır. Tanılama amacıyla morfolojik ve biyokimyasal parametrelerin yanında, en yüksek kitinaz aktivitesi gösteren HBK-51 suşu; yağ asiti analizleri ve 16S RNA/DNA dizi analizlerine göre tanılanmıştır.

[fizban]

Çok pahalıya satılan bir ürünün içeriklerini yazan bir siteye rastlamıştım. İçeriği bahsettiğiniz "Bacillus" çeşitleri ile dolu.

Benim gibi öğrenmeye hevesli olanlar için;

http://www.igrowblog.org/category/plant-science

[epsody]

Orijinal Mesaj Sahibi fizban

Çok
Benim gibi öğrenmeye hevesli olanlar için;

http://www.igrowblog.org/category/plant-science

Arkadaşım Öğrenmek için heves yetmiyor, bizlerde bu heves fazlası ile bulunmakta lakin bunların çevrisi olmayınca hevesimiz kursağımızda kalmaktadır, yapıyorsan bir iyilik çevirisinide eklersen daha makbule geçecektir, sevgiler saygılar..

[fizban]

Google translate sayfasına gittim.

Oraya hangi dilden hangi dile çeviri istediğimi işaretledim.

Tüm sayfayı çevirdi.

Her sayfanın çevirisi iyi olmuyor, ama bu fena değil gibi.

Yine de anlaşılmayan bölümler var ise, yardımcı olmaya çalışırım.



http://translate.google.com.tr/trans...&sl=auto&tl=tr

[MeyveliTepe]

EM'nin bir alt grubu gibi bir ürün. Sadece bacillius grubu bakteriler var. EM gibi dormant satılıyor, melas ve su ile aktifleştiriliyor.

[acemi_caylak]

Güzel bir döküman.

Bacillus Cinsi Bakterilerde Antimikrobiyal Aktivite ve Antibiyotik Üretimi

[Dogasever]

Teşekkürler Ustam

Özellikle Streptomisetler antibiyotik üretiminde çok etkili. Zaten hastalanınca içtiğimiz antibiyotik hapları da onlar yapıyor. Selamlar. Konu açılmışken hemen okuyucuları uyaralım. Antibiyotikleri leblebi gibi içmeyin lütfen. Başladığınızda da iki hap içip ondan sonra iyileştim diye bırakmayın ve doktorunuzun (ya da eczacınızın) verdiği antibiyotiği size önerilen miktar bitene kadar içmelisiniz. Aksi takdirde sizi hasta eden mikrop o antibiyotiğe karşı bağışıklık kazanıyor!

[Halil Önen]

Orijinal Mesaj Sahibi acemi_caylak

Akdarı....

Birkaç gün önce bir kavanoza yarısına kadar akdarı doldurup, sonra ¾ üne kadar su ekledim.

Ertesi gün çalkaladım ve kaybettiği suyu ekleyerek yeniden ¾ üne kadar doldurdum. Sonra kavanozun kapağını kapatıp dolaba kaldırdım.

3 gün içerisinde pH 7’den 3.9’a düştü.
Daha sonra bu sıvıya mikroskop altında baktım ve bir çok bakteriyel aktivite gördüm.

Ayrıca üstte yüzen beyaz parçalar vardı, bunlardan bir parça alarak baktım ve bayağı sağıklı mayaların geliştiğini gördüm.

Bu yüzden akdarının laktik asit bakterileri ve maya için iyi bir kaynak olduğunu düşünüyorum.

Not: Mikroskopla bütün bakterileri görebildiğinden emin değilim. Çünkü mikroskopla ilgili fazla bilgi vermemiş.

Birde internetten bulduğum resmini ekleyeyim.


Eklenti 164702

Eeee bu kadar mı?

Laktik asidi havadan da topluyacaktık. Kapağı sıkı kapamadınız umarım.

Sıvıyı süzecek ayrı bir kaba alacaktık.
Üzerine 10 katı taze süt dolduracaktık.
1/3 oanında pekmez karıtıracaktık.
Bu sıvıyı 20 kat su ilave edecektik.

Elde ettiğimiz kültürden 4 litre suya 4 tatlı kaşığı koyarak, toprağa ve komposta karıştıracak ve hatta bitkilerin yapraklarına spreyleyecek hem zaralılardan koruyacak hem bitkiyi kuvvetlendirecektik.

Pirnçten yapıyorsak akdarıdan da yaparız diye düşündüm.
Yoksa başka bir formül deneyeceksiniz?

[acemi_caylak]

Halil Bey,

Pirinç, akdarı seç beğen al yaptık. İsteyen akdarıdan isteyen pirinç suyundan yapar. Hatta çukurova üniversitesi yengeç kabuğundan izole etmiş.

Şaka bir yana sizin şu gübre karışımına akdarıyıda eklesek. Azot ve potasyum oranı iyi gözüküyor. Akdarıyı un haline getirip sizin karışıma ekleyebilirsiniz.

[Sarıcan]

Sn. Doğasever,

Ben yıldızlarımızın barıştığını zannediyordum. b5A sayfasındaki gereksiz tartışmalar için söylediklerim sadece bir durum tespiti idi. Dost acı söyler misali. Mikroorganizmalar konusunu Türkiye' ye taşıdığınız için bir kaç kez teşekkür etmiştim. Benim isteğim bu konuda yeterli Ar-Ge çalışmasının yapılması idi. Bunuda sevgili Acemi bütün hünerlerini göstererek yapıyor ve artık acemilikten ustalığa terfi ettiği sizin tarafınızdan da tesbit edilmiş. Ben şu an hiç bir çalışma yapmıyorum, yapılan çalışmaları keyifle okuyorum. Geçmişte biraz kırılarak, biraz üzülerek bu konuya bir katkım olduysa da bundan mutluluk duyarım. Amacım sizi üzmek değildi, başarılarınızın devamını diliyorum. Saygılar.

[MeyveliTepe]

Pirinç yıkama suyunu temiz bir şişeye koyup ağzını bir bez ile bağlıyoruz. Dışarıda güneş almayan bir yerde 5-6 gün durdu. Arada bir koklayıp ekşi kokunun oluşup oluşmadığını kontrol ediyoruz.


Üzerine süt ilave edip aynı şekilde ağzını bağlayarak bodruma koyuyorum. Burada amaç, pirinç suyunda toplanan pek çok bakteriden sadece laktik asit bakterilerinin kalması sağlamak.



Yine bir hafta sonra tarif edildiği üzere şişenin alt tarafında laktik asit bir serum şeklinde birikiyor.



Serumu temiz cam şişelere alıp dolaba kaldırıyorum. Melas ile çoğaltma işini sonra lazım olduğunda yapacağım.

[kayastop]

sa.sayın meyvelitepe emeğine sağlık kafamızdaki bir çok soru cevap buldu bu sayede

[ggirgin]

http://www.reap-canada.com/online_li...%282006%29.pdf

Arkadaşlar kolay gelsin
Acemi çaylağa verdiği bilgiler ve çeviriler için teşekkür ederim. Çorbada benimde tuzum bulunsun

[MeyveliTepe]

Çok güzel bir kaynak. Teşekkürler.

[acemi_caylak]

Orijinal Mesaj Sahibi ggirgin

http://www.reap-canada.com/online_li...%282006%29.pdf

Arkadaşlar kolay gelsin
Acemi çaylağa verdiği bilgiler ve çeviriler için teşekkür ederim. Çorbada benimde tuzum bulunsun

Sn. Ggirgin,

Bu döküman daha önce verilenleri bütünler nitelikte çok güzel bir döküman. Bence doğal tarıma merak duyan arkadaşlardan ingilizcesi iyi olanlar mutlaka okumalı derim.

[MeyveliTepe]

Bunu da çevirmek lazım

Hızlıca bir göz attığımda epey bir pratik bilgi ve deneyim var.

[verdoque]

Ben çeviririm diyecekken, baktım 35 sayfaymış Parça parça paylaşıp çevirebiliriz.
Ya da biraz uzun sürer napalım

[acemi_caylak]

Orijinal Mesaj Sahibi verdoque

Ben çeviririm diyecekken, baktım 35 sayfaymış Parça parça paylaşıp çevirebiliriz.
Ya da biraz uzun sürer napalım

Sn. Verdoque,

Ben bir kısmını alabilirim. Başka gönüllü varsa paylaşabiliriz. Ya da özetleyebiliriz. Çünkü çeviri gerçekten zaman alan bir süreç. Bazen bir kelimeyi bilseniz bile bir çok kaynaktan doğrulatmak zorunda kalıyorsunuz.

[Halil Önen]

Orijinal Mesaj Sahibi acemi_caylak

Sn. Verdoque,

Ben bir kısmını alabilirim. Başka gönüllü varsa paylaşabiliriz. Ya da özetleyebiliriz. Çünkü çeviri gerçekten zaman alan bir süreç. Bazen bir kelimeyi bilseniz bile bir çok kaynaktan doğrulatmak zorunda kalıyorsunuz.

Evet en azından özetlenebilir.

Benzer bir yöntemle odun kömürü yapmayı planlıyordum. Yakılan malzemeleri _ ki zenginleştirebilir de_ merak ettim.

[acemi_caylak]

Halil Bey,

Döküman bayağı güzel. Ggirgin'e bir kez daha teşekkür ediyorum. Böylelikle elimizin altında müthiş bir bilgi birikimi oluşuyor. Aslında tümünü çevirebilsek iyi olur. Zaman buldukça çevireceğim. Daha önce çevirdiğimiz orman mikroorganizmaları, bambu, pirinç suyu vb. ile aynı içerikte olsa da daha ayrıntılı ve resimli anlatıyor. Örneğin üstünkörü göz attığım kadarıyla mikroorganizmaları kendi tarlamız çevresindeki işlenmemiş tarlalardan toplamanın daha yararlı olduğunu söylüyor.

Bu arada bu linkte ilginç bir tarif var özetledim. Sevgili Bayındırmevki'nin yöntemine benziyor. Ona da yeni fikir vermiş olur. Ki aynı denemeyi Sevgili Zeytinlibahçe'de yapıyor galiba. Hedef bu yazının sonunda. Maliyetleri en az %60 düşürmeliyiz.

125 gallon (yaklaşık 1 ton) su tankı içerisine, 5 gallon (yaklaşık 20 litre) okyanus (deniz) suyu, 6-7 lbs (yaklaşık 2,5-3 Kg) ham şeker, 2 litre mineral tarım suyunu (mineral tarım suyu diye bir su Türkiye'de yok.) akvaryum motoru ile devri daim yaptırarak veya 10 feet (yaklaşık 3 metre) yükseklikten mineral kaya veya azomit (klinoptilolite benzeyen bir tür volkanik kaya, ancak içinde çok daha fazla element var. Biz klinoptilolit ve leonardit karışımı ile yapabiliriz.) üzerine dökülerek minerelizasyonu sağlanan suyu karıştırınız.

Tarlanızın en verimli yerinden veya çevresinden yarım inç (1,27 cm) derinden bir avuç dolusu toprağı alınız. Bu toprak içerisinde doğal o çevreye uygun mycorrhizaeler vardır. Bu toprağı tarlanın en verimli yerinden en az 3 noktadan birer avuç dolusu alınız ve yarım litre su ile karıştırarak bu karışımı 1 tonluk tanka ekleyiniz.

Son olarak taze ve yabani çimenleri biçiniz ve blenderde sulandırarak (yoncada katsak çok iyi olur.) iyice doğrayınız. Bundan en az 2 quarts (yaklaşık 2 litre) yapınız ve bunuda tanka ekleyiniz. Daha sonra tankı tamamen su ile doldurunuz.

Bu karışımı 18-20 saat bekletiniz. Bu karışımı direk toprağa vermek için en azından 10 katı sulandırınız. Yapraktan vermek için 20 katı su ile sulandırınız. Bu uygulamayı yağmur yağarken, yağmurdan önce veya akşam saatlerinde veya sabah erkenden uygulayınız. En iyi çözümü almak için bu solüsyon yılda en az 10 kere yapılmalıdır.

Bu tamamen doğal bir tarım yöntemi olarak, aşağıdaki yararları sağlayacaktır.

1. Daha az maliyet (en az %60 maliyet düşüşü)
2. Daha çekici ürün
3. Güçlü, sağlıklı ve daha besleyici bitkiler
4. Kullanılan girdiler doğal malzemeden yapıldığı için sadece doğayı korumakla kalmıyor, aynı zamanda çevrenin yeniden canlanmasını ve rehabilite edilmesini sağlıyor.
5. Yüksek verim
6. Daha kaliteli ürün
7. Çiftçi dostu
8. Sıfır çöp emisyonu

Not: Döküman özetlenmiştir, tam çeviri yapılmamıştır.

Bu karışıma bence azot, fosfor, potasyum yönünden zengin 10 Kg kadar güvercin gübresi de katarsak süper olur.

[acemi_caylak]

Ggirgin'in eklemiş olduğu dökümanda prinç kabuklarının tıpkı odun kömürü gibi yakılmasından söz ediyor. Kolay ancak etkili bir yöntem. Ayrıca tavuk gübresini de kömürleştirerek yapılan Biochar diye ticari bir ürün var. Bu yöntem üzerine sanırım biraz daha çalışmamız gerekecek.

[verdoque]

Uzun sürmesi sorun değil derseniz dökümanın tamamını çevirmeyi üzerime alabilirim. Ara ara son halini pdf olarak rapidshare'e yükleyerek sizleri haberdar edebilirim. (Forumda eklemek çok yer kaplar) Tecrübeli arkadaşlar kadar terimlere aşina değilim ama zorlandığım yerde yardım isterim.

[Dogasever]

Sn Verdoque

Terimlerde size yardımcı olurum. Merak etmeyiniz.

[acemi_caylak]

Sn. Verdoque,

Bence çok iyi olur. Introduction bölümü ve bazı bölümlerdeki hikaye kısmı atlanabilir. Dökümandaki tarifler okuyanların daha çok dikkatini çekiyor.

Kolay gelsin. Şimdiden emeğinize sağlık.

[verdoque]

Teşekkürler, başlıyorum o zaman

[MeyveliTepe]

Akşam dökümanı baştan sona taradım. Filipinler doğal ve sürdürülebilir tarım konusunda çok deneyimli. Dökümanda anlatılan yöntemler çok uzun yıllara dayanan deneyimlere dayanıyor. Hatta işi biraz aşıp, araziden uzak ya da "yerel" olmayan faydalı mikroorganizma getirilerek uygulanmasını dahi yeterince faydalı bulmuyorlar. Bu bakımdan, bizdeki geleneksel tarımla mikroflorası çoktan tükenmiş topraklarla kıyaslamamak gerek. Bizler ilk etapta yerel olmayanına, ticari olanına da razıyız. Fakat burada önemli olan kavram ve hedeflediğimiz yön olmalı. Kendi kendine yeten, lazım olan her şeyi hemen yanı başımızda bulabileceğimiz, mümkünse bunun için de fazla emek ve para sarfetmeden sağlıklı toprak ve bitkileri oluşturabilmeyi gözden kaçırmamalıyız.

Filipin ve diğer uzak doğu yaklaşımlarında şu var. Üzerinde bitkileriyle bir toprak parçası, sağlıklı, iyi büyüyen ve verimli ise, tam olması gerektiği gibidir. Orada doğa tüm dengelerini kurmuş ve her şey leyhtedir. Dolayısıyla, orayı böyle yapan bileşikler aynı doğanın yaptığı gibi bir bütün olarak taklit edilmeye ve taşınmaya çalışılıyor. Bu farklı bir felsefe. Bu yüzden, bu yöntemleri buralardan preperat elde edip konvasiyonel tarım girdisi gibi kullanmak anlamlı değil.

[acemi_caylak]

Bu başlıkta, genelde simbiyoz, karşılıklı yararlanma gibi olumlu etkileşimlerinden söz ettiğimiz organizmalar arasında, birde olumsuz olmak üzere gerçekte iki türlü etkileşim olmaktadır.

Toprakta yaşayan çeşitli bireyler veya populasyonlar arasındaki etkileşimler (interaksiyon) organizmalardan birinin veya her ikisinin uyarılması (stimulation) veya engellenmesine (inhibition) bağlı olarak olumlu veya olumsuz olabilir. Bu yazıda bu olumsuz etkileşimin nasıl gerçekleştiği genel hatlarıyla anlatılıyor.

Olumsuz etkileşimler:

• Rekabet (Competition)
• Zıt etkileşim (Antagonizm)
• Mantar gelişmesinin engellenmesi (Fungistasis)
• Avcılık (Predasyon)
• Parazitlik

Olumlu etkileşimler:

• Birlikte bulunma (Kommensalizm)
• Zorunlu olmayan karşılıklı yararlanma (Protocooperation)
• Karşılıklı zorunlu yararlanma (Mutualizm)

Rekabet

Toprak mikroorganizmaları arasında, diğer canlılar gibi ışık, su ve yerleşim alanı gibi nedenlerden ortaya çıkan bir rekabet yoktur. Mikroorganizmalar arasındaki rekabet esas olarak substrat yani enerji sağlamak için gerçekleşir. Toprak mikroorganizmaları organik maddelerin ayrışmasında farklı ekolojik nişe (Niş, mikroorganizmaların yaşam alanında kalıtsal özellikleri ile ilgili gerçekleştirdiği yaşamının devamına yönelik faaliyetlerin tümüdür.) sahip olduğundan doğrudan bir rekabete girmezler. Örneğin: Nitrifikasyon bakterileri olan Nitrosomonas’lar tarafından amonyağın oksidasyonu ile üretilen nitrit, Nitrobacter türleri tarafından substrat olarak değerlendirilir ve nitrata oksitlenir. Rhizobium türlerinin toprakta yaşayan doğal formları ile kültüre aşılanan soyları arasında nodül oluşturma bakımından rekabet gerçekleşebilir. Doğal soylar, azot fiksasyon özellikleri zayıf dahi olsa nodül oluşturmuşlarsa kültürle toprağa Rhizobium eklemenin bir değeri kalmaz. Bu rekabetin örnekleriniden biriside mikorizalar, rekabet yetenekleri ile köklerde hastalığa neden olan patojenleri baskı altına alabilmektedirler.

Çok hücreli mantarlar, normal olarak, bakteriler ile rekabete giremezler. Bununla beraber, düşük pH, düşük azot, düşük oksijen ve yüksek karbonhidrat konsantrasyonları gibi bazı özel çevresel şartlar altında rekabete girerler. pH'ın 6.0'ın altına düşmesi, bakterileri mantarlara kıyasla daha fazla etkiler ve mantarlar baskın tür haline gelir.

Zıt Etkileşim (Antogonizm)

Mikroorganizmalar toprak çevresine çeşitli metabolitler salgılarlar. Mikroorganizmaların salgıladıkları metabolitlerle bir türün diğer bir türün gelişimini engellemesi ile sonuçlanan etkileşime amensalizm denir. Etkileşim her iki tür organizmayı da olumsuz etkiliyorsa antogonizm olarak tanımlanır.

Antibiyotik üretimi ile oluşturulan etkileşim bazen Antibiyosiz olarak ta tanımlanmaktadır. Antibiyotikler bir organizma tarafından üretilen ve düşük konsantrasyonlarda diğer organizmaların gelişmelerini engelleyen maddelerdir. Bunu karşılaştırmak için bir örnek verecek olursak, bazı bitki dokularının ayrışma ürünü olarak ortaya çıkan reçineler, tanenler ve fenol bileşikleri de mikroorganizmalara toksik etki yaparlar. Ancak bunların etki edebilmeleri için ortamda çok yoğun konsantrasyonlarda bulunması gerekmektedir. Oysa antibiyotikler çok düşük konsantrasyonlarda bile diğer mikroorganizmalar için öldürücü olabilir.

Bakteri türlerinden Bacillus subtilis Pseudomonas flourescens, funguslardan Trichoderma spp., Gliocadium spp.’lerin ürettiği antibiyotiklerin patojen mikroorganizmalara karşı etkili olduğu tespit edilmiştir.

Aşağıdaki şekilde patojen bir fungus ile antagonist bir bakterinin etkileşimi görülmektedir.



Aktinomisetler,özellikle Streptomiset’ler önemli antibiyotik üreticisidirler. Streptomisin, kloramfenikol, sikloheksimid bileşikleri aktinomisetler tarafından oluşturulmaktadır.

Mantarlar içerisinde Penicillum, Trichoderma, Aspergillus ve Fusarium önemli antibiyotik üreten örneklerdir.

Alg ve protozoalarda antibiyozis olayı gözlenmemiştir. Antibiyotikler, duyarlı mantarları, bakteri ve aktinomisetleri engelleme veya öldürmede etkilidir.

Antibiyotik üreten önemli mikroorganizma ve ve ürettikleri antibiyotik cinsleri aşağıda verilmiştir.

Organizma	Antibiyotik
Streptomyces antibioticus	Actinomycin
S. erythraeus	Erythromycin
S. fradie	Neomycin
S. griseus	Streptomycin
S. niveus	Novobiocin
Bacillus polymyxa	Polymixin
Penicillum chrysogenum	Penicilin

Mantar gelişiminin engellenmesi (Fungistasis)

Fungistasis, mantarların üremelerine mani olunmasıdır. Antibiyosis mikro ölçekli ve geçici bir etkileşim olduğu halde, toptaklarda çok daha geniş kapsamlı ve daha sürekli olan bir etki de mycostasis veya fungistasis olarak bilinen mantar inhibe edici özelliktir. Bunların neler olduğu tam olarak bilinmemekle beraber, suda çözünen, uçucu veya uçucu olmayan ve sıcaklıkla aktivitesini kaybeden toksinler olup mikrobiyal kökenli oldukları sanılmaktadır.

Toprakta mikrobiyal kökenli antibiyotik ve toksinlerin dışında, CO2, amonyak, nitrit, etilen ve kükürt bileşikleri gibi doğal populasyonların aktivitesine zarar veren mikrobiyal metabolitlerde bulunmaktadır. Örneğin: Amonyak Nitrobacter’ler için etkili bir inhibitödür, aynı zamanda bazı mantar türlerini de baskı altına almaktadır.

Avcılık (Predasyon ve Parazitlik)

Antogonizmanın bu şeklinde bir organizma diğeri tarafından madde ve enerji kaynağı olarak kullanılır. Bakterilerin avcıları protozoa’lar olup bu yolla bakteri populasyonları önemli ölçüde etkilenir. Bakteri, alg ve mantarların büyük çoğunluğuna predatör diyemeyiz zira hücre duvarları katı partikülerin girişini engeller. Ancak mantarlar içinde nematodları tuzak kurarak yakalayan predatörlerin varlığı ilginçtir.

Bakteriofajların bakterileri çözmesi olayı parazitik bir etkidir. Topraklarda çok bulunan virüs benzeri kamçılı bir bakteri olan Bdellovibrio bakteri yüzeylerine saldırarak onların çözülmesine neden olur, özellikle gram – bakteriler bu organizma için uygun avlardır. Toprakta bakterilerle beslenen bir diğer organizma grubu Myxobacter’ler ve sıvaşıcı küflerdir. Bu organizma aynı zamanda alg ve mantarlarla da beslenir.

Ayrıca mikroparatisizm dediğimiz, fungusların salgılamış oldukları enzimlerle zararlı fungusun misellerini delerek beslenmesine ve bu şekilde onların ölümüne yol açmasına neden olan bir etki vardır. Bu durumun oluşması için mikoparazit fungusun ortamda gelişmesi , konukçu bitki ile tanışması, ekstra sellüler enzimlerle parçalaması ve patojen fungusun hifini penetre (delmesi) etmesi gerekmektedir. Bu durum özellikle Trichoderma spp.’lerde görülmektedir. Aşağıdaki resimde bu etkinin nasıl gerçekleştiği görülmektedir.




Trichoderma spp.’nin Pythium spp.’yi parazitlemesi (a), Trichoderma spp. tarafından parazitlenmiş bir fungusun miselinde oluşan giriş noktaları (b)

Funguslar içinde çoğalan virüslere de mikovirüs denilmekte olup, bu virüslerin fungus bünyesinde yayılması fungusun sporları ya da anostomosisi ile olmaktadır. Kök çürüklüğü ve solgunluk hastalığına neden olan Rhizoctonia solani ve Gaumannomyces graminis var. triticifunguslarını infekte eden mikovirüsler bulunmaktadır.

Not: Bu yazının hazırlanmasında, Ş. Bilge GÖLÜKCÜ Abdullah ÜNLÜ'nün, Bitki Hastalık Etmenleri ile Biyolojik Savaşım makalesi ile, Prof.Dr.Koray Haktanır-Doç.Dr.Sevinç Arcak'ın Toprak Byolojisinin Konusu, Önemi ve Gelişimi kitaplarından faydalınılmıştır.