Az miktarda bor, bitki büyümesi için zararsızdır. Sulama suyunda bor miktarının yükselmesi durumunda bitki zarar görür ve nihayetinde ölür. Bu fazla miktar toprakta birikerek toprağı çoraklaştırır. Hatta bir daha kullanılamaz hale getirir.
Sulama suyu olarak jeotermal suların kullanımı, yüksek bor içeriği nedeniyle çevreye olumsuz etkide bulunmaktadır. Jeotermal suların yer altı suları ile karışımları sonucu, tarımsal alanlar etkilenerek bor kirliliği ortaya çıkar. Gediz ovasında yer altı suyundaki bor miktarı son yıllarda yüküm süren kuraklık ve aşırı yer altı suyu kullanımı ile artmıştır. Sulama sularındaki bu artış, topraktada birikerek artmaya devam eder ve bitkileri olumsuz yönde etkileyebilir. Verimi düşürür. Gediz ovasında son yıllarda topraktaki Bor miktarında artış yaşanmaktadır. Bir çiftçimiz, bu topraklarda EM'nin Bor ve tuz miktarını nasıl etkilediğini araştırdı. Sonuçlar açıkça göstermektedir ki EM kullanıldığı takdirde, topraktaki tuz oranı ve Bor miktarı azalmaktadır!
